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随之而来的宗教改革运动对独揽文化、教育大权的教会发起全面攻击，导致整个教育制度的巨大动**，与天主教密切相连的旧大学遭唾弃，大学处于极度混乱和倒退状况，学生人数急剧减少。
但是，德国宗教改革并不想摧毁大学，相反，它需要受过高等教育的牧师来阐述、宣传新教教义。
随着地方权力的扩大、教会财产的征用以及罗马法的接受，世俗政权也需要受过良好训练的人从事法律职业，在这些社会需求的压力下，旧大学被改造成为培养神学家和法学家的社会机构，摆脱了混乱和倒退的危机，新的大学也适应社会需求成批增加。
但从整体上看，大学的实际情况仍很糟糕，经院哲学、烦琐哲学的方式还未完全排除，却又产生了新的烦琐哲学。
与英国一样，当时划时代的科学——数学和自然科学仍被排斥在大学之外，一些著名科学家的成就大多在大学之外取得。
加之1618年至1648年三十年战争的破坏，大学不再是进步的象征，被看成是逐渐衰亡的机构，到17世纪末，德国大学的声誉一落千丈，这是德国大学不能适应社会需要的必然结果。
[5]
中世纪大学争得的各种权力，可以说它是城市市民反抗封建教会的产物。
然而，中世纪大学并没有摆脱宗教的束缚，教会势力很快就渗进了大学。
如巴黎大学到13世纪中叶，已完全为教会所操纵，大学的教学内容主要是经院哲学，讲座大多由僧侣把持，有自由思想的教师被排挤出校。
14世纪以后，很多大学实际上是教会开办的了。
一直到19世纪，在这几百年间，大学几乎没有太大的变化，保持初创时期的原样。
由于大学与社会生活联系不大，社会角色缺失，在大学发展史上出现了“冰河期”
。
“17世纪以后，不少大学因缺少学生而关门。
如建于1386年的海德堡大学不得不关闭达26年之久（1626—1652年）；巴黎大学也曾在16世纪末中断过教学活动；牛津大学和剑桥大学也不景气，到1685年，牛津大学因缺少学生而濒于消亡，这种情况一直持续到19世纪。”
[6]这就是大学发展史出现的所谓300年冰河期。
这也从侧面说明，当大学不能适应社会发展需要时，就会停滞不前，或者倒退。
二、“理想化”
的渊源：大学是传统的、保守的、追求卓越的
大学的理想化情结，是由它的组织特征所决定的。
社会组织分为三类：政治组织、经济组织和公共事业组织，大学正属于社会公益的第三部门。
从三类组织的特征上分析：如果政府组织追求的是“公平”
和办事效率，强调的是统一、秩序、等级和纪律，那么经济组织追求的就是经济“效益”
，强调的是工作标准、规格、程序，那么大学是一种文化机构，是一种学术组织，追求的则是“学术”
“民主”
“自由”
的氛围，“理想”
“完美”
和“卓越”
。
强调的是“探索、创新和独创”
，这种组织特征就决定了大学的固有理想化情结。
（一）大学是一种相对稳定的、保守的、传统的组织，不易受到社会剧烈变革的冲击。
大学是一种非常特殊的组织，有一个统计很能说明问题。
美国加州大学前校长克拉克·克尔做过一个统计，全世界在1520年之前创办的组织，现在仍然用同样的名字，以同样的方式，干着同样事情的只剩下85个，这85个当中，其中70个就是大学，另外15个是宗教团体。
大家可以看到，不以营利为目标的这些组织，最具有生命力。
从某种意义上讲，大学类似一个宗教组织，它有一种特殊的使命，就是mission。
那么大学的理念，我们知道并不是一成不变的，但是相对来讲，具有很强的稳定性。
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