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新中国成立前，我国高等学校仿照欧美大学的管理体制，在大学设置学院，在学院下设置学系。
20世纪50年代初，我国高等教育的发展放弃欧美模式，转而效法苏联，对全国的高等院校进行调整，撤销了学院的建制，改变了以往学院下只设系科、不设专业的做法，在大学下直接设系科，在系科下设置了口径较小的专业，在管理组织上设置了教研室（教研组），形成了权力高度集中的“校—系—专业（教研室）”
管理体制。
20世纪80年代初，随着高等学校职能的拓展，我国高等学校开始自发地恢复学院制。
特别是随着经济体制的转型，市场经济呼吁管理重心下移，学院制改革蓬勃开展。
除了一些高等学校维持传统的“校—系—专业（教研室）”
管理体制外，我国普通高等学校还出现了“校—系—研究所（室）”
“校—系研究所—研究室”
“校—院—系”
“校—院—系所—专业教研室研究室”
“校—院系所—研究室专业教研室”
“校—院—系所”
等管理模式。
1993年2月8日，国家教委颁布《关于普通高等学校内部管理体制改革的意见》，要求“逐步理顺校、院、系（所）几级关系，分清职责，实现治事用人相结合，责权利相统一”
，但并没有提出明确的意见。
虽然学院制改革仍然存在不少问题，但它推动了我国高等学校的学科整合，而且推动了高等学校的权力下移，提高了管理效率。
（二）现行高等学校微观管理体制存在的问题
新中国成立以来，特别是在改革开放之前的二十几年中，与高等教育宏观管理体制相类似，我国高等学校微观管理体制变化频繁，有的管理体制只实行三五年就会变化，长的话也只实行十几年，这在世界各国高等学校管理体制中可以说是绝无仅有的。
改革开放以后，我国一方面学习国外的通行做法，探索高等学校微观管理体制的改革；另一方面维护中国共产党对高等学校的绝对领导地位，选择了党委领导下的校长负责制作为高等学校微观管理制度，在现行的体制框架内较好地解决了党政这对主要矛盾，并且推动了其他方面的改革，取得了一些成就和进展。
但是，我们也应该看到，现行的高等学校微观管理体制仍然存在不少矛盾和问题，必须在实践中予以解决。
1.政治权力与行政权力边界模糊
现行的高等学校微观管理体制明显带有革命时期军队和政府管理体制的痕迹，既维护中国共产党的领导，又要行使行政职能。
这种体制在实施过程中逐渐暴露出一些问题：①党政两支队伍共同行使一套领导管理职能，彼此分工模糊，出现问题谁都有责任而又无责可负，致使管理效率低下；同时，由于党政职能分界不清，容易导致党政纷争。
②在党政共管、两支专职管理队伍并存的情况下，行政队伍承担主要管理任务，党的专职队伍只承担管干部和一些辅助性工作，这往往会给人一种假象，即把党的这支专职管理队伍所承担的职能当作党在高校所起的全部作用，而将以党员为主体的行政管理队伍所承担的工作排除在党的作用之外，这种假象有损党在学校的地位、形象和威信。
③由于党委的职能以“务虚”
为主，不直接从事教学、科研、后勤等的实际管理，这样容易使党委贯彻党的路线、方针、政策的工作停留在念文件、传达上级指示精神的表层，思想政治工作的权威性和针对性较差。
④党委介入行政管理，势必会影响党自身的建设和思想政治工作。
总之，实行党委领导下的校长负责制的目的是要加强党在高等学校的领导地位，而目前高等学校微观管理体制的运行情况并不一定能有效地实现这一目的。
2.行政权力与学术权力失衡
在高等学校内部，管理权力有行政权力与学术权力之分。
虽然在行政权力与学术权力的关系上并没有通行的模式，但行政权力与学术权力各司其职、协调运作，是各国高等学校内部管理权力配置中普遍遵循的原则。
由于受计划经济体制、高度集权的管理体制和官本位文化的影响，我国高等学校内部行政权力与学术权力严重失衡，主要表现在行政权力与学术权力界定不明，定位不清；行政权力泛化，学术权力淡化，甚至出现学术管理行政化的倾向。
无论是在高等学校一级还是在学院一级，权力仍然过于集中在党政领导手中，学术权力孱弱。
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