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新的制度架构要突出解决民办学校分类管理问题，政府部门要积极开展营利性和非营利性民办学校分类管理试点，探索经验，积极推广；清晰界定民办学校办学自主权，划清政府管理与民办学校自主权的边界。
在法律体系建设上，特别要注意解决法律法规之间的不衔接与“相互打架”
的现象，包括教育法律法规之间的衔接和教育法律法规与其他相关的法律法规的配套问题。
第二，为完善民办学校治理结构与治理机制提供必要的制度供给，切实解决民办学校治理结构中出现的某些制度缺陷。
当前，不但要明确章程在民办学校运行中的法律地位，明确董事会（或理事会）作为民办学校决策机构的地位，还要在制度上保障对董事会的决策和行为进行有效监督，这就需要积极探索和推进监事会和监事制度。
在民办学校中，还要进一步明确董事会与校长之间的分工，确保校长依法行使职权。
对非营利性民办学校，要探索规范举办者权利与义务的方式，防止非营利民办学校出现营利性冲动过强和举办者权力过大的现象。
在进行分类管理的试点过程中，要着手建立举办者变更和退出民办学校的机制，解决举办者关心的利益问题。
在非营利高校中还要进一步明确校董会、党委、工会等之间的关系，保障教职工参与民主管理和民主监督的权利。
第三，健全政府对民办学校进行监督和管理的相关制度。
当前特别需要抓紧完善民办高等学校督导专员制度，明确督导的法律地位，清晰界定督导专员的权力，并完善督导方式；针对营利性和非营利性民办学校建立起不同的学校财务、会计和资产管理制度，切实保障非营利性民办学校的法人财产权，保障办学经费不被任何个人侵占、抽逃或挪用；加强对民办学校的评估和审计工作，切实建立起民办学校办学风险防范机制和信息公开制度，为扩大社会参与民办学校的管理与监督提供切实的制度依据和保障。
通过一系列制度建设，解决政府机构对民办学校监管的“无法可依”
和监管不力的问题。
第四，政府部门和相关官员应正确定位，在处理公办教育与民办教育的关系上保持公正和中立立场，以国家教育发展的利益为重，防止被某一方利益所绑架，积极履行政府管理职能，做到“不缺位、不越位”
。
（三）清理歧视政策，创造民办教育发展的公平环境
歧视是指在同等条件下，因对某些人群或团体持有偏见，致使不能将之与其他群体平等对待的现象。
民办教育政策歧视是指政府部门没有将民办学校与公办学校一视同仁，民办学校没有得到同等对待；或在某些情况下没有考虑到民办学校特点，而习惯用公办学校标准衡量民办学校。
《教育规划纲要》把“清理并纠正对民办学校的各类歧视政策”
作为发展民办教育对政府的重要要求，本质上就是希望政府能够公平对待民办学校。
“公平对待”
的基本内涵是要求同等对待民办学校、民办学校学生和民办学校教师。
民办学校学生在升学、就业、社会优待、参加先进评选、医疗保险等方面享有与同级同类公办学校受教育者同等权利；民办学校教师申请国家设立的有关科研项目、课题等享有与公办学校教师同等权利；非营利学校应享受到与公办学校同等的税收及其他优惠政策，如土地、水电使用等，在争取国家设立的有关科研项目、课题方面应与公办学校享受同样待遇。
“公平对待”
还意味着要尊重民办学校的特点和特色，不能以公办学校或有利于公办学校的标准衡量和要求民办学校；特别是考虑到民办学校的发展水平、发展阶段和现有基础，与公办学校相比，民办学校在相当长时间内还处于弱势状态，在政策制定上应优先或适当照顾、扶持民办学校，这也是公平对待精神的重要体现。
当然，“公平对待”
并不意味着政府将会对民办学校给予公办学校同样的财政支持，因为两者的社会责任、经费来源、运行机制有很大不同。
现实中，民办教育受到的歧视主要集中在民办学校法人机构、民办学校学生和民办学校教师三个方面。
民办学校法人机构受到的歧视。
根据相关法律，民办教育是公益性事业，不以营利为目的，但是从事公益性事业的民办学校并没有被作为事业单位对待，在法人登记上被界定为“民办非企业法人单位”
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