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高等教育经费主要包括教育事业拨款、基建拨款（含教育基建和部门基建支出中用于学校的经费）、科研经费拨款、其他经费拨款（包括专项拨款和非专项拨款）四大项。
在2007年政府新的收支分类改革后，政府教育经费支出按活动将人员经费和公用经费合在一起统称为基本支出，原来的基建支出和一些专项支出统称为项目支出。
由于经济社会发展的需要，高等教育的社会需求日益扩大，我国高等教育在进入大众阶段后所面临的又一个重要任务是教育教学和科研质量的提高，向社会公众提供更多优质的高等教育资源，而且从成本上讲，相比其他各级教育高等教育更为昂贵，从而对经费便提出了更高水平的需求。
因此，在新的时期就需要一种新的高等教育拨款机制，在开拓经费来源渠道的同时确保经费分配的合理公正和使用的有效。
针对高等教育的特点，《教育规划纲要》提出了“适应国家和区域经济社会发展需要，建立动态调整机制，改进管理模式，引入竞争机制，实行绩效评估，进行动态管理，不断优化高等教育结构，促进高校办出特色，加快建设一流大学和一流学科”
等发展目标。
在经费管理的层面主张设立高等教育拨款咨询委员会，增强经费分配的科学性。
但是如何设立高等教育拨款咨询委员会，怎样充分发挥高等教育经费优良的管理功能，需要进一步结合具体问题，在实践中不断探索。
从高等教育拨款机制理论与实践的国际经验看，理论上讲，在一定社会的高等教育资助水平下，公共经费的划拨包括两种途径：其一是直接将经费拨付给高等学校；其二是通过学生拨付有关款项。
而直接拨款又分为协商拨款、投入拨款和产出拨款三类。
投入和产出拨款使用成本原则确定年度预算，协商拨款更多地以政治联系为中心。
在促进高等学校资源使用效率、公平性、资源配置的透明度以及促进高等学校对劳动力市场的反应性方面，各有特点。
实践中，大多数国家采用以直接拨款为主的综合拨款机制，通常会在大学和政府之间设立缓冲组织处理拨款决策，并试图以此预防政府对学校的过多干涉。
这种组织由技术专家组成，对大学财政需要进行分析，向政府提出预算并将经费分配到各高校。
这一机构有时也扮演着质量控制机构的角色，维持高等教育系统的水平，同时使大学免受政府干扰，让大学承担相应责任。
理论上，我国的高等教育拨款属于直接拨款，《教育法》规定“各级人民政府的教育经费支出，按照事权和财权相统一的原则，在财政预算中单独列项。
各级人民政府教育财政拨款的增长应当高于财政经常性收入的增长，并使按在校学生人数平均的教育费用逐步增长，保证教师工资和学生人均公用经费逐步增长。”
《高等教育法》明确提出“国家建立以财政拨款为主、其他多种渠道筹措高等教育经费为辅的体制”
，政府拥有极大的经费管理权限。
《教育规划纲要》提出设立高等教育拨款咨询委员会，从经费管理的角度也符合了增强高校自主权的改革思路。
借鉴国外拨款机制，结合中国实情，在政府和高校之间设立一个作为缓冲型组织的拨款咨询委员会通过经费管理促进高校在竞争中追求办学的效率和质量。
（四）加强学校财务会计制度建设，完善经费使用内部稽核和内部控制制度
对于私有经济部门来说，会计体系的一个主要目的是确定该部门的财务状况，如企业的盈利或亏损程度，而学校作为公共部门，财务会计与盈利与否无关。
学校的存在是为了提供优质的教育服务活动，根本上讲是育人，这意味着学校所有的工作必须要花费金钱，但花费必须合理，学校经费管理部门的职责就是确保经费能获得最大的利益。
但是在我国现阶段，学校资金的会计记录，尤其是现场会计记录还非常粗略，少数地区中小学财务管理仍存在责任不明、制度不严、效益不高等问题，个别学校甚至存在私设“小金库”
、私分公款的严重违纪违法行为[11]等，因而需建立完善学校财务会计制度，记录学校收入和支出，实现财务管理的高效率和好效果。
而且，行政管理人员对所有资金管理的合法性、质量保证和有效性就可以通过会计报告记录予以支持，经费的配置的依据。
因而，《教育规划纲要》提出要加强学校财务会计制度建设，完善经费使用内部稽核和内部控制制度，具有重要的现实意义。
首先，必须有专门机构和人员负责财务管理工作。
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