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当培根确信知识就是力量、伽利略提出数学化的世界图景时，科学已在某种意义上向“主义化”
迈出了历史性的一步。
科学的提升及其向主义的泛化，一开始便交织着科学与宗教的错综关系。
从总体上看，宗教指向的是超自然的对象，科学则首先关注自然之域；宗教以信仰为特征，科学则追求理性的认知。
与之相应，科学的进步，往往意味着对宗教的超越，事实上，近代科学的凯歌行进，确乎以经院哲学和神学时代的终结为历史前提。
但另一方面，宗教又在某种意义上内含着人文的关切：彼岸世界的追求固然超越了现实的人世，但它在更深的层面又内含着人的终极精神寄托；相形之下，科学在以理性精神拒斥宗教信仰的同时，则容易使理性本身疏离人文之域。
随着科学的主义化，理性与人文的分离往往进一步趋向于理性的工具化。
科学的发展与思想的启蒙总是相辅而相成，在宽泛的意义上，科学本身亦构成了近代启蒙思潮的一个方面。
启蒙运动以民主、平等、自由、进步等为基本的理念，其中蕴含着普遍的价值取向：它在某种意义上以民主、自由等价值原则否定了权威主义、神学独断等前近代的观念；不妨说，启蒙运动本质上旨在实现价值观念的转换。
作为启蒙运动的一个方面，科学也相应地被赋予某种价值的规定。
科学的这种价值内蕴构成了科学主义的理论前提之一，并随着科学主义的形成和展开而逐渐突出与强化。
从近代的历史进程看，科学的形上化同时也折射了科学本身的历史作用。
如前所述，科学的起源可以追溯到近代以前，但它在变革世界中的作用，却只是到了近代才真正得到了充分的展示。
科学既改变了世界，又构造了世界：它在某种意义上提供了一幅与本然存在不同的世界图景；而这一现象正是近代以来的显著特点。
海德格尔已注意到了这一点：“世界图象并非从一个以前的中世纪的世界图象演变为一个现代的世界图象；毋宁说，根本上世界成为图象这样一回事情，标志着现代之本质。”
[15]近代以来的这种科学的世界图景一旦形而上化，往往不仅衍化为本体论的视域，而且亦成为价值观上的设定；换言之，科学的世界图景既被理解为本体论意义上的存在形态，又被视为价值观上的应然（应当达到的理想之境）。
作为一种哲学思潮和广义的文化、价值观念，科学主义并不是西方特有的现象。
在中西文化交汇的历史过程中，科学主义同样构成了中国近代一种引人注目的思想景观。
从理论渊源看，中国近代的科学主义当然受到了近代西方观念的多方面影响，但它又并非仅仅是西方思想的简单移入；在其深层内在地蕴含着某种传统的根据。
就历史源头而言，中国近代科学主义的某些观念可以追溯到17、18世纪，亦即所谓明清之际及清代中期。
这一时期重要的文化变迁首先表现为与传教士东来相联系的西学东渐。
传教士的本意当然是为了布道，但异域信仰与中国固有观念之间的紧张，使外来教义的接受与流播一开始便面临着种种困难。
为了叩开华夏精神世界的大门，传教士不得不借助某些宗教之外的手段，科学便是其中重要的一种。
相对于终极层面的信仰，科学无疑更多地具有普遍性的特点：信仰作为价值追求，在不同的文化圈可以呈现极为不同的向度，但科学原理却常常超越了价值取向上的差异而普遍地适用于不同的文化圈。
科学的这种普遍性品格，使它对不同文化背景下的知识界都可以产生某种向心力；而以科学的引入为前导，则多少能够缓解价值冲突对传教的心理排拒。
这样，形而上的天主教义与形而下的科学便戏剧性地走到了一起。
就科学而言，明清之际思想家的关注之点首先在于科学之“用”
，由科学之“用”
，又进而指向科学知识借以获得的思维方法，其中逻辑、数学方法与实证的原则被提到了尤为突出的地位。
不过，在接受西方的实证科学方法的同时，明清之际的思想家又表现出将实证科学普遍化和泛化的趋向，并由此对形上的思辨哲学与形下的科学（包括科学方法）作了多方面的沟通，这一演化过程，已预示了近代科学思潮的历史走向。
西学在明清之际的东渐，使科学的价值得到了较多的关注。
与之似乎前后呼应，传统的经学也开始发生某种折变，后者具体表现为一种实证化的趋向，在乾嘉学派那里，经学的实证化取得了更为成熟的形态。
乾嘉学派可以看作是清代学术的主流，尽管其研究对象仍以传统的经典为主，但在学术取向上，却开始由形而上的义理之学，转向形而下的考据之学。
作为经学的转换形态，清代考据学揭橥实事求是的原则，主张面向本文与遍搜博讨，其治学方法体现了会通义例（归纳）与一以贯之（演绎）、逻辑分析与事实验证、无证不信（存疑原则）与大胆推求（创造性思考）的统一，与之相联系的是溯源达流的历史主义精神。
这种方法论原则在注重实证、严于逻辑推论等方面，与近代的实证科学确乎有相通之处，它扬弃了宋明心性之学的思辨性，在相当程度上使经学获得了某种实证的品格。
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