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上面关于玉米起源的解释，许多基因技术方面的意见都是否定的，因为这种解释将一个极其复杂的生物学问题处理得过于简单化了。
但除强烈相反的生物学迹象之外，该假设还要面对另外两个更强烈的反对意见。
到目前为止，这两个尖锐的质疑都没有得到令人满意的解答：（1）南美洲任何地方都没有发现这种被认为是早期玉米始祖植物的野草；（2）在这个假设下，这种早期玉米始祖植物应该是一种比已知的大刍草和摩擦禾属植物更原始的野草。
简而言之，这种尚未发现的假想中的早期玉米始祖植物不仅是玉米的始祖，而且也是大刍草和摩擦禾属植物的始祖。
如果能证明这一点，这个假设就不会与任何一位植物学家的观点相冲突，因为所有人都认为整个玉米种属最原始的始祖植物就是一种开着美丽花朵的野草。
事实上，自从曼格尔斯多夫和他的同事卡梅伦最近发表的研究报告认为危地马拉是玉米品种起源地的第二中心以来，即使是坚定支持南美洲是玉米起源地的学者也开始动摇。
曼格尔斯多夫和他的同事在报告中这样说道：
即使对这批玉米（来自危地马拉西部38个地区）只进行粗略的研究，也能立刻证明危地马拉西部玉米品种的多样性。
危地马拉西部地区的面积不到艾奥瓦州的一半，而玉米品种可能比整个美国的还要多。
曼格尔斯多夫还说，尽管他在中美洲看到的任何一种玉米样品中都没有发现能做成爆米花的玉米，但他相信肯定存在这种玉米食物，因为其他种类的玉米食物，例如玉米面、晒干的硬玉米和玉米碎粒都很常见。
简而言之，这个地区的玉米食物种类达到了最丰富的程度。
另一方面，中美洲北部原生的大刍草和摩擦禾属植物比玉米更原始，尽管根据秘鲁起源假说，南美洲早期玉米始祖植物要更原始一些。
虽然玉米在美洲的起源地这个问题还远没有定论，但大刍草和摩擦禾属植物这两种玉米的亲缘植物都存在于危地马拉是不可否认的事实，根据这一事实我可以得出结论，即使还存在争议，但中美洲北部高地比秘鲁高原更有资格作为印第安玉米的起源地。
根据玉米的起源地是中美洲地区的假说，应该是在相当遥远的年代，大刍草偶然与另一种野草杂交，从而产生了玉米。
综上所述，我们可以肯定关于玉米的起源有三种理论，且没有一种理论可以将另外两种充分证伪，这三种理论分别是：（1）通过变异、突变、选择等传统生物学方法从大刍草培育而来；（2）大刍草与某些未确定的禾本科植物杂交而来；（3）从一些已经灭绝，或者至今仍未知的早期玉米植物培育而来。
前两种理论假设玉米起源地在危地马拉西部的某个地方，第三种理论则没有地理限制，甚至不排除来自欧洲大陆。
选择南美或北美作为玉米起源地在很大程度上取决于个人偏好，因为既没有经验也没有判断标准，来帮助我们决定哪种情况更有可能发生，所以我们不知道到底是假想中的南美洲早期玉米始祖植物已经灭绝，还是从大刍草到玉米的中间突变阶段的植物完全消失，只留下了最初形态和最终形态的植物物种。
我认为后一种情况更有可能发生，因为这是我们目前的动植物物种从其始祖物种中衍生出来的普遍方式。
我还相信，玉米起源于危地马拉西部，因此新大陆的农业也起源于危地马拉西部。
在这个理论中，关于为什么古代秘鲁人比古玛雅人驯化了更多植物这个问题，真正的解释并不是因为农业起源于古代秘鲁人，而是因为他们所在地区的自然条件和严酷的气候迫使他们利用每一种可能利用的植物。
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