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2000年的大学排行开始按照学校的学科类型和办学层次（重点大学与非重点大学）分别排行，在高等学校社会声誉调查中，扩大了调查对象的范围，不仅包括两院院士、大学校长、知名的社会科学和人文科学学者，而且吸收了部分企业家参加。
[15]2001年、2002年的评价指标体系趋于稳定，仅对二级指标做了适当的微调。
2003年，网大将过去四年一直沿用的指标“学术声誉”
更名为“声誉”
体现了调查对象的打分，不局限于反映过去一年各学校的学术表现，而是用“综合声誉”
代替单纯的“学术声誉”
。
“学术资源”
在过去四年中补充了人文社科方面的指标，但一直使用总量进行计算。
2004年的一级指标和权重结构没有变化，只在二级指标中做了一些调整，在算法方面，“学术成果”
一项删除了ISTP、CSTP和A&HCI，这三项指标相应的权重在“学术成果”
项下其他的二级指标中分配。
“学术资源”
沿用了2003年的算法，用“每千名学生的拥有量”
代替“总量”
。
这样的改进反映了学生在学校所能享有的优质学术条件，而不是仅仅以规模计算，相较而言，更加准确地反映了学校学科建设的效益。
“学术资源”
中的二级指标“国家重点实验室与国家工程研究中心数（每千名学生拥有量）”
，补充更新了国家工程技术研究中心数据，指标更名为“国家重点实验室与国家工程（技术）研究中心数（每千名学生拥有量）”
。
“教师资源”
中“教师中获得博士学位人员的比例”
这项二级指标因为无法获得更新数据，2004年用“教师中副教授以上人员的比例”
代替，权重不变。
[16]
2004年8月，也就是在《中国大学排行榜2004》发布两个月后，网大向国内230所大学的管理部门发出调查信，征询对大学排行榜指标体系的意见。
研究组根据反馈结果，2005年在具体计算过程中尝试对个别指标按照不同的方法进行计算，比较结果后，对2005年的评价指标体系和算法未做任何改变。
[17]
2007年，网大的中国大学排行榜指标体系做了如下改进：“学术资源”
用“对本科学位点比例”
代替自2003年排行以来一直沿用的“每千名学生的拥有量”
计算；“教师资源”
中的“教师中副教授以上人员的比例”
改为“专任教师中副高以上人员的比例”
，以更契合院校专任教师人员构成的实际情况。
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