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一方面，对于理性与信仰之间的关系，经过中世纪知识分子激烈论争，经历了结合、平衡、分离三个阶段。
（1）经院哲学已经“把模仿的法则同理性的法则结合在一起，把权威的规定同科学的论证结合在一起。
不仅如此，神学还立足在理性的基础上，从而变成了科学——这是本世纪具有决定意义的一大进步”
；而对经院哲学来说，“信仰寻求理智力”
，在大学工作范围内以特有的评注方式发展起来。
（2）学术界对亚里士多德的翻译与评注丰富起来，以马格努斯（AlbertusMagnus，1200—1280）和阿奎那（ThomasAquinas，1225—1274）代表的多米尼克修会与西格尔领导的阿威罗伊主义开始同时信奉亚里士多德学说和《圣经》，推崇“双重真理学说”
，“一个是天启的真理……另一个只是纯粹哲学和自然理性的真理。
在矛盾的情况下，我们可以简单地说：这里是我作为哲学家的理性的答案，但因为上帝不会说谎，我同意由他启示的真理，并通过信仰把我自己同天启的真理结合在一起”
。
（3）约从1320年起，通过司各特（JohnDunsScotus，1266—1308）和奥卡姆（WilliamofOccam，1285—1349）关于平衡理性与信仰的争论，“信仰寻求理智力”
的传统被抛弃，造成理性与信仰完全分离，哲学和神学发展为批判主义和怀疑论，大学教育由此深深打上了这方面的烙印。
[26]
另一方面，作为知识分子的大学学者由于普遍参与教会事务，对大学工作本身带来不良后果，众多的学者或博士几乎不能从事教学，造成了学生学习不规律，水平下降。
由此出现了知识分子与社会服务之间的“悖论”
，即“当大学学者大力宣称其在教会统治中发挥作用的权利时，大学却自我封闭了其生涯，教学水平也下降。
他们试图在整个基督世界讲话与行动，却将他们享有尊严的机构本身分裂、变小，更增加了他们企图的非现实性。”
[27]但从整体上说，14—15世纪大学学者越来越多地参与官僚制度的普遍发展，无论是教会还是世俗社会，都以官僚制为特征；而且，大学学者作为一种新的社会群体——知识分子阶层开始从这一官僚现象中诞生。
四、课程、学位与管理：制度化与民主化倾向
中世纪课程基本上由文献构成，阅读文献是教学与知识的基础。
在所有的学院里，主导教学的是授课与辩论两项基本活动。
前者使学生认识权威，并通过权威使学生掌握学科的全部内容；后者是自由深入探讨某些问题的方法，是学生实践辩证法原则的机会，也是检验其思维敏捷度与推理合理状况的机会。
大学不仅实施教学，还授予学位，既保证了学位持有者的能力，又是对教师教学的认可。
在13世纪，大学明确规定了学位系统和考试的具体组织方式。
最久远的学位、起源最早的学位证书便是“授课许可证”
（litiadodi），成为学生从“教师会”
（college）或行业协会获取的习得某种知识的结业证书；[28]之后，又出现了只属于大学并在大学内部标志等级的学位（学生、学士、博士）。
但粗略估计，“只有少数人获得文凭，多数学生只是在大学中待了若干年……约三分之一或四分之一的学生成为学士，十五分之一或二十分之一的学生获得授课准许证”
。
[29]
总体而言，“13世纪的大学管理体现了不容置疑的民主特点”
，而且大学是自治的，外部权力介入大学内部的可能性极为有限；“大学管理可以归结为两项基本任务：保障大学的特许权，组织教学工作”
[30]。
在大学内部，逐渐开始分化出“学院”
（Facultes）和“民族团”
（Nations）。
所谓学院就是与教学组织有关的大学行政分支机构。
根据知识或学科的不同地位，学院可划分为神学、法学（教会法和民法）、医学三个高级学院和教授七艺的艺学预备学院。
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