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《几何原本》与《名理探》可以看作是明清之际引入与介绍西方逻辑与方法论的代表性著作。
尽管《几何原本》成书于公元前3世纪，《名理探》的逻辑体系亦早在亚里士多德的时代已形成，但二者的内容已分别涉及近代公理化方法的基本原则及近代科学研究中逻辑思维的主要方面，因此在方法论上，同样包含近代的向度。
从这一意义上看，对《几何原本》及《名理探》等著作的译介，同时也意味着从思维方式上引入近代西学。
事实上，明清之际的思想家对数学与逻辑方法的注重，也并不限于制器等具体的需要，在更深的层面上，他们的着眼之点更在于思维方式上的转换。
在谈到几何学与致知的关系时，徐光启明确肯定：“几何之学，深有益于致知。”
[14]这种“益”
，首先便体现于思维方法的训练之上。
在同一文章中，徐光启对此作了具体的论述：
下学工夫，有理有事。
此书（《几何原本》——引者）为益，能令学理者祛其浮气，练其精心；学事者资其定法，发其巧思，故举世无一人不当学。
[15]
浮气往往与无根据的推断、仓促的结论等相联系，精心则以思维的严密性为其特征。
所谓“祛其浮心、练其精心”
，也就是通过几何的学习，克服粗疏、虚浮的推论方式，提高思维的严密性。
思维的这种训练不仅关联着知（明理）的过程，而且亦制约着行（处事）的过程；换言之，理性的知与实际的行，都离不开严密的思维方法。
几何学在提高思维严密性上的作用，与几何学本身的特点有着内在的联系。
利玛窦曾从思维方法的角度对几何学的演绎过程作了阐释：“题论之首先标界说，次设公论，题论所据；次乃具题，题有本解，有作法，有推论，先之所征，必后之所恃。
……卷与卷、题与题相结倚，一先不可后，一后不可先，累累交承，至终不绝也。
初言实理，至易至明，渐次积累，终竞乃发奥微之义。
若暂观后来一二题旨，即其所言，人所难测，亦所难信。
及以前题为据，层层印证，重重开发，则义如列眉。”
[16]在推论过程中，首先要对概念作出明确的定义，以不证自明（至易至明）的命题作为大前提（公论），然后引入论题作为小前提，由此推出结论。
这种结论本身又可以成为新的前提，继续推理；推演的程序，展开为一个前后相承、层层相推的过程，而在这种前后相连的推论中，又存在着必然的逻辑关系（一先不可后，一后不可先）。
正是几何学内含的这种严格的逻辑性，决定了它能够有效地引导人们趋向思维的严密化，所谓“能通几何之学，缜密甚矣”
[17]亦主要就此而言。
与《几何原本》一样，《名理探》的内在价值，也往往首先从思维方式的角度得到阐发。
李天经在《名理探·序》中，通过中西思维方法的比较，论述了《名理探》一书的方法论意义：
世乃侈谭虚无，诧为神奇，是致知不必格物，而法象都捐，识解尽扫，希顿悟为宗旨，而流于荒唐幽谬，其去真实之大道，不亦远乎？西儒傅先生既诠《寰有》，复衍《名理探》十余卷，大抵欲人明此真实之理，而于明悟为用，推论为梯，读之其旨似奥，而味之其理皆真，诚为格物穷理之大原本哉。
[18]
这里的侈谈虚无，主要是传统哲学中佛道及心学末流所表现出来的某种思维偏向，它的特点在于空疏不实，论而无据，其内容无法确证；与此相联系的顿悟，则是非理性的神秘直觉，这种直觉既远离对象世界，又缺乏逻辑的论证，其结论不免流于主观独断。
相对于此，《名理探》所展开的形式逻辑体系，则注重严密的推论，一切新的结论，都建立在层层的推论基础之上。
明清之际的学者对逻辑的推论相当重视，认为“明真实之理”
，“其道舍推论无由矣”
，而推论又必须合乎逻辑：“研理者，非设法推之论之，能不为谬误所覆乎。
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