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明清之际西方的逻辑学已通过《名理探》等著作而传入中国，这种逻辑固然首先被视为质测之学的新工具，但也往往同时被引向心性之学。
李天经在阐释《名理探》的意义时，便指出：
三论明而名理出，即吾儒穷理尽性之学，端必由此，其裨益心灵之妙岂浅鲜哉。
[31]
此所谓三论，即《名理探》中直（概念）、断（判断）、推（推理）三论；穷理尽性之学，亦即传统儒学的心性形而上学。
在李天经看来，名理探（逻辑）之所以重要，缘由之一即在于它是研究心性的必由之路。
在这里，裨益心灵已不仅仅是一般意义上的逻辑思维训练，而是同时与形而上的思辨纠缠在一起。
类似的看法亦见于明清之际的另一些思想家，如徐光启在论几何学的意义时，便将其与德性的涵养联系起来，认为“学此者不止增才，亦德基也。”
[32]在此，作为穷理之学的几何方法，便同时具有了一种形而上的意义。
对逻辑、数学的如上理解，已涉及质测与通几的关系。
方以智在反对“扫质测而冒举通几”
的同时，又从一个较为普遍的层面，对二者的关系作了概述：“不可以质测废通几，不可以通几废质测；或质测，或通几，不相坏也。”
[33]质言之，通几与质测相容而不相害。
不过，通几与质测虽不可偏废，但又往往有所侧重。
在更具体的讨论二者关系时，方以智进而指出：“质测即藏通几者也”
，“通几护质测之穷”
[34]。
在此，通几似乎从双重意义上表现出其主导性：一方面，一切实证研究（质测）都包含着通几，换言之，通几作为内在的因素制约着质测；另一方面，具有普遍涵盖性的通几又可以克服质测的局限（护质测之穷）。
在质测与通几的统一中，后者已呈现出某种优先性。
通几之学的优先性，使实证科学的研究有时也不免被注入形而上的内容。
阮元在概述戴震的科学研究时曾指出：“庶常（戴震）以天文、舆地、声音、训诂数大端，为治经之本，故所为步算诸书，类皆以经义润色，缜密简要，准古作者。”
[35]此所谓经义，也就是形而上的经学义理。
天文、舆地、步算（推步、历算）本来属实证科学之域，但在戴震那里，这些领域的研究却同时渗入了形而上的义理。
这固然与戴震兼治哲学的背景有关，但其中亦可以看到实证科学与思辨走向的纠缠；后者从另一个侧面表现了明清之际对科学某种形而上的理解。
与科学的形而上理解相辅相成的，是对科学普遍作用的确信。
梅文鼎在谈到历法时，曾指出：
心之神明，无有穷尽，虽以天之高、星辰之远，……而人辄知之；辄有新法以追其变，故世愈降，历愈之密。
[36]
“心之神明”
表征着理性的认识能力，“新法则”
可以看作是科学发展的新形态。
在梅文鼎看来，历算对天文现象的把握是一个无止境的过程，天象不管如何变化，都可以在历算理论的发展中得到解释。
广而言之，科学的作用范围是无限的：所谓“心之神明，无有穷尽”
，已从理性认识能力的角度确认了这一点。
对科学作用的确信，不仅体现于质测之学与对象的关系中，而且也展开于质测之学与其他知识领域的关系。
作为明清之际科学思潮的延续，实测之学常常被用于经学研究。
焦循在这方面提供了颇为典型的一例。
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