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动物学家在鲸鱼的内耳发现了许多圆形的昆虫。
研究人员因此认为，耳内寄生虫可能是使一些鲸鱼搁浅的祸首，它们破坏了鲸鱼的回声定位系统，使鲸鱼不能正确收听回声而误入歧途。
但是，有些鲸鱼的种类却非如此，如一角鲸它的耳内经常有不同的寄生虫，但这并未明显造成破坏它航行的现象。
环境污染也曾被认为是造成鲸鱼搁浅的原因。
因为那些使海水污染的化学物质，可能扰乱了鲸鱼的感觉。
另一些科学家通过对数头冲进海滩搁浅的自杀鲸鱼的解剖后发现，绝大多数死鲸的气腔两面红肿病变，因此认为，导致鲸鱼搁浅的原因可能是由于其定位系统发生病变，使它丧失了定向、定位的能力。
由于鲸鱼是恋群动物，如果有一头鲸鱼冲进海滩而搁浅，那么其余的就会奋不顾身地跟上去，以至接二连三地搁浅，形成集体自杀的惨剧。
美国拉斯帕尔马斯大学兽医系胡德拉教授和伦敦大学生物系西蒙德斯教授却认为鲸鱼集体自杀是由于水下爆炸、军舰发动机和声呐的噪音引起的。
他们在分析了一系列鲸鱼集体自杀事件后，发现了其中的巧合。
1989年10月，24头剑吻鲸冲上加那利群岛沿岸的浅滩，当时该群岛附近海域正在进行军事演习。
1985年，12头鲸鱼在海上进行军事演习时冲上海滩。
1986年，4头鲸鱼冲进兰萨罗特岛搁浅，另两头鲸鱼冲上附近一座岛屿的浅滩，其间这两座岛屿海域正在进行海军演习。
此外，成群鲸鱼搁浅于委内瑞拉沿岸时，也刚好附近正在进行水下爆炸。
同意这一观点的还有法国拉罗谢尔海洋哺乳类动物研究中心的副主任科列德博士。
他认为，每头健康的鲸鱼都拥有能在海洋深处定向、定标的发达的定位系统，而军舰声呐和回声探测仪所发出的声波及水下爆炸的噪音，会使鲸鱼的回声定位系统发生紊乱，这是导致鲸鱼集体冲上海滩自杀的主要原因。
对鲸鱼的自杀之谜，有着如此种种的推测。
科学家对鲸鱼的基本生物原理及其环境做出更多的研究后，定会做出进一步的分析与判断。
在目前来说，保护鲸鱼的人们所能做到的，只是尽量把搁浅的鲸鱼拖回大海，使它们继续自由自在地生活。
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