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解剖一共历经三天，取出了内脏、神经、血管、大脑等。
现场的医生们被眼前的人体结构所震撼，收获巨大。
那名参加解剖实习的女医生，是西格博尔德的女儿依娜。
跟随蓬佩学习的医生，有顺天堂医院的创建者佐藤尚中、后来的东京大学医学部部长、日本红十字医院的第一任院长等，他们后来成为明治医学界的领头人，为近代西洋医学在日本的普及做出了巨大贡献。
宣传解剖意义的日本人
现场观摩蓬佩解剖的医生们，认为解剖是一件十分有意义的事情。
但是听说平三郎被解剖的长崎的囚犯们，再也不能保持平静。
他们认为以死代罪已经足够，难道还要肢解身体吗？真是残酷至极呀。
于是爆发了**，政府的官员们十分为难。
这时站出来说服犯人们的是蓬佩门下的私塾校长松本良顺。
良顺对他们说：“把尸体交给医生解剖，无论是对研究学问、治病还是对社会都有益处，所以在欧洲，那些没有犯罪却主动留下遗言愿意接受解剖的有志之人比比皆是。
现在犯人做了坏事被处以极刑，如果死后能用自己的身体帮助千百万人治好病，不仅可以赎罪，而且对后人来说真是功德无量啊！”
他还承诺亲自为他们主持法事，授予法号并建设石塔。
这些死囚原本死后不允许被祭奠，尸首都要被扔到荒郊野外，现在有人答应厚葬他们，这令他们感到很满足，赴死时也就没有怨言了。
这是蓬佩“必须认真对待遗体”
的教导起了重大作用。
这种精神一直保留到现在，现在全日本的大学完成人体解剖后都会举行骨灰归还仪式，以表达对捐献者的谢意。
以前的观点认为，人体解剖是罪恶的，后来人们认为它是为医学发展做贡献，人们对解剖的认识发生了质的变化。
明治政府为正式引入西洋医学，建设了医学教育的中心基地，即后来的日本东京大学医学部。
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