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在此期间，高等教育也经历了从“双轨”
到“并轨”
的发展。
1989—1996年，政府开始扩大收取学费的范围，正式确立对公费生免费和对自费生收费的“双轨制”
收费政策。
公费生缴纳较少的学杂费，就业由学校推荐或定向分配；而通过市场调剂的委培生和自费生，缴纳较高的费用，毕业后可以到委培单位就业或者自由择业。
1997年，考虑到收费“双轨”
给学校管理带来的问题，也考虑到市场机制在资源配置中逐渐发挥基础性的作用，在上海两所学校试点的基础上，开始在全国范围内对高等院校完成“并轨”
，推行全面收费的政策。
（三）个人和社会分担较高的高等教育成本阶段（2001—2006年）
这个时期是高等教育规模大发展的时期，也是个人和社会分担较高高等教育成本的时期。
“并轨”
后，又恰逢高校呈现强烈的扩大规模趋势，收取更多的学费，于是政府开始遏制收费上涨。
在此期间，政府文件频出，但收费上涨势头并未完全遏制。
2007年，国务院印发《关于建立健全普通本科高校高等职业学校和中等职业学校家庭经济困难学生资助政策体系的意见》，规定“今后五年，各级各类学校的学费、住宿费标准不得高于2006年秋季相关标准”
。
该文件被称为动用政府强大行政力量，遏制大学学费上涨冲动的“限涨令”
。
（四）2006年之后
2012年，“限涨令”
政策到期，宁夏回族自治区听证方案中提出学费平均涨幅62.2%、最高涨幅86.7%的拟调标准，引起社会一片哗然，被称为学费“报复性上涨”
。
随后，天津、浙江、江苏等10余个省区市于2014年相继调整公办高校学费；2016年，广东、江西上调了学费，海南、内蒙古也加入上调学费标准的队伍。
新一轮高校学费涨价依然引起了社会公众的高度关注，质疑大学“乱涨价”
、听证会“走程序”
。
2016年，教育部等四部门联合印发《关于2016年规范教育收费治理教育乱收费工作的实施意见》，指出：“根据办学成本、群众经济承受能力，建立健全高校收费标准动态调整机制。”
大学收费制度20年来的跌宕起伏，反映了政府经费和市场资源对高校的双重作用。
政府不断调整行政手段来管理大学收费，又不得不承担高额行政成本，也担负起更多的财政压力。
政府的行政调控没能解决高校财政问题和家庭负担问题，它并不利于高校的多样化发展，也不利于高等教育质量的整体提升。
从2006年“限涨令”
到现在，又是10余年过去了，高校的外部治理体系仍然没有建立起来，但是，目前的制度环境和政府管制市场经济的能力已经获得长足进步，社会整体的法律意识已经和当年不可同日而语。
深化体制改革，为高校奠定恰当的外部治理环境，同时，推动高校建立现代化内部治理体系。
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